No creo que su user_id md5-ied esté pasando a la consulta de actualización porque dentro de la condición superior si no hay una función md5 () que esté haciendo la tarea y también debe asegurarse de cómo se almacena el valor dentro de la base de datos, es md5- id_usuario ied o id_usuario normal? si para md5 user_id pruébalo así,
if(isset($_GET['user'])){
$id = $_GET['user'];
$id = md5($id);
$sql = "UPDATE request SET email_verification=1 WHERE Id='$id'";
$result = $conn->query($sql);
if ($result === TRUE) {
header('Location: index.php');
}
else {
echo "Error updating record: " . $conn->error;
}
}