Me sucedió el mismo problema debido a un schema_filter en mi configuración. Mi archivo doctrina.yaml (Symfony 4) tenía lo siguiente:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
Simplemente tuve que agregar "migration_versions" al filtro de esquema así:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~