Pregunta básica de agrupación de matriz PHP MySQL

Prueba esto..

Consulta todas las ciudades con estado, ordena primero por estado y luego por ciudad:

SELECT id, alphaname, state 
FROM regional 
ORDER BY state ASC, alphaname ASC

Organice su conjunto de datos en una matriz de 2 dimensiones:

$states = array();
while($thearray = mysql_fetch_array($list)) 
{
    $states[$thearray[state]][$thearray[id]] = $thearray[alphaname];
} 

Ahora el contenido de tus $states debería verse algo como:

Array
(
    [AK] => Array (
        [id_1] = Anchorage
        [id_2] = Juneau
    )
    [CA] => Array (
        [id_3] = Los Angeles
        [id_4] = San Diego
        [id_5] = San Francisco
    )
)

Genere su presentación HTML:

NOTA:Agregue un ancla para reflejar la pregunta propuesta.

foreach($states as $state_name => $cities)
{
    echo '<h3>'.$state_name.'</h3>';
    echo '<ul>';
    foreach($cities as $id => $city_name)
    {
        echo '<li><a href="info.html?id='.$id.'">'.$city_name.'</a></li>';
    }
    echo '</ul>';
}