Para usar múltiples comandos SET con LOAD DATA INFILE, solo necesita especificar SET una vez y separar cada definición de variable con comas, por ejemplo.
LOAD DATA INFILE 'my_file' INTO TABLE 'my_table' (column1, @date1, @date2)
SET column2 = STR_TO_DATE(@date1, '%d/%m/%Y %H:%i:%s'),
column3 = STR_TO_DATE(@date2, '%d/%m/%Y %H:%i:%s');