En lugar de seleccionar todos los campos con "SELECCIONAR *", debe nombrar explícitamente cada campo que necesite, asignándoles un alias con AS según sea necesario. Por ejemplo:
SELECT si.field1 as si_field1,
si.field2 as si_field2,
ind_data.field1 as ind_data_field1
FROM sites_indexed as si
LEFT JOIN individual_data as ind_data
ON si.id = ind_data.site_id
WHERE `url` LIKE :url
Y luego puede hacer referencia a los nombres con alias en su conjunto de resultados.