A pesar de la documentación que dice que las entradas vacías se asignan al valor 0 , LOAD DATA INFILE de hecho no maneja entradas vacías. Deben tener un valor apropiado para el tipo de datos de la columna, o bien la secuencia \N para significar NULL.
Consulte el error http://bugs.mysql.com/bug.php?id=64603
Para solucionar esto, puede sustituir \N para entradas vacías con un comando sed (o cualquier herramienta de sustitución de texto equivalente que use en Windows).
Ver también MySQL cargar valores NULL de datos CSV
