Desea utilizar un algoritmo de métrica de cadena como se mencionó anteriormente, PHP tiene esta función integrada http ://php.net/manual/en/function.levenshtein.php así como http://www.php.net/manual/ es/funcion.texto-similar.php .
MySQL no implementa este (algoritmo específico) de forma nativa, pero algunas personas se han adelantado y han escrito procedimientos almacenados para lograr lo mismo:http://www.artfulsoftware.com/infotree/consultas.php#552
En mi opinión, usar una métrica de cadena que pueda manejar cambios arbitrarios es mejor que eliminar la puntuación, y también puede detectar omisiones, transposiciones, etc...
