Es posible resolver este problema mapeando su asociación dos veces de la siguiente manera con @Where anotación.
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
@Where(clause = "status = 'ACTIVE'")
private List activeMissions
@ManyToMany(mappedBy = "agents")
private List missions
La explicación completa se puede encontrar aquí https://thinks- on-java.org/hibernate-tips-filter-entities-mapped-association/
