PHP MySQL Múltiples formularios y múltiples envíos en una sola página

Para eso están las entradas ocultas. Agregue uno para su identificación:

<input type="hidden" name="id[]" value="<?=$rows['id']?>" />

Además, no es necesario guardar el conteo. Puede contar la cantidad de elementos en una matriz usando count($id) .

Por último, sanitiza tus insumos. Nunca incluya datos enviados por el usuario directamente en una consulta. Usa intval para enteros y mysql_real_escape_string para cadenas, o use sentencias preparadas.