El usuario 'raíz' para MySQL NO es el mismo que el usuario raíz para iniciar sesión en la computadora, por lo que no debería haber efectos secundarios siempre que OTORGUE los derechos apropiados al usuario de mysql en el servidor de producción.
Ese es el usuario mencionado en
$ mysql -u user -p password db_name
que podría compartir un nombre con un usuario que haya iniciado sesión en la computadora, pero no es necesario.
EDITAR:nota:un usuario común puede iniciar mysql como root si se usa la contraseña correcta en el comando anterior. Esto no será lo mismo que root's contraseña, si sabes a lo que me refiero.
Si no está claro, definitivamente debería familiarizarse con el significado de 'raíz' en un contexto de MySQL.
