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GROUP_CONCAT e INNER JOIN con cláusula WHERE

El WHERE cláusula restringe registros previo a la agrupación; mientras que el HAVING la cláusula restringe los resultados después agrupación:

SELECT   course.id, course.name, GROUP_CONCAT(Flag.id) flags
FROM     course
    JOIN course_flags ON course_flags.course_id = course.id
    JOIN flag ON flag.id = course_flags.flag_id
GROUP BY Course.id
HAVING   SUM(flag.name = 'promocja')

Véalo en sqlfiddle .