En mi opinión SQLite y Apache Derby (http://db.apache.org/derby/
) son buenos para tal plan. Hace algunos años hice esas cosas con derby y todavía está funcionando. En ese momento simplemente empaqueté la carpeta que contenía el jre, el programa, libs (jar's) y la carpeta de datos de derby.
Según recuerdo:sqlite era muy fácil de usar mientras que derby es más general para aprender.
