Aunque está preguntando acerca de JDBC, espero que esto lo ayude a comprender todas las opciones disponibles...
Por lo general, manejo la conmutación por error mediante una configuración de equilibrio de carga que puede realizar la conmutación por error correctamente, en lugar de hacerlo en la capa JDBC.
MySQL Proxy es una forma de lograrlo:
http://www.cyberciti.biz/tips/mysql-proxy-howto .html
