Intente reemplazar la subconsulta con una unión:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Aquí hay un enlace a un artículo sobre este problema . El escritor de ese artículo escribió un procedimiento almacenado para obligar a MySQL a evaluar las subconsultas como independientes. Sin embargo, dudo que sea necesario en este caso.
