Esto es solo cuestión de actualizar la columna correspondiente.
Dependiendo de... hum... tu estado de ánimo (?) podrías intentar:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
O
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
O
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);
