La persistencia de WebSphere MQ es siempre un sistema de archivos local para plataformas distribuidas. En el mainframe, existe la posibilidad de usar una base de datos DB2 en un Sysplex con una función de acoplamiento, pero para todo lo demás es un sistema de archivos.
Además, no hay persistencia local para los clientes de WebSphere MQ. Solo el administrador de colas conservará los mensajes.
En la familia WebSphere, System Integration Bus de WebSphere Application Server tiene la capacidad de utilizar una base de datos para su persistencia de mensajes. SIBus es una implementación JMS provista con WAS para intercambiar mensajes en la celda WAS y entre instancias WAS.