mysql cuenta cuántas veces un campo se vincula a otro

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

Esto le dará un recuento de identificación distinta por ref.

select ref, count(*) from table group by ref;

Esto le dará el número de registros por referencia.

EDITAR:

Pruebe esto para obtener el resultado que desea.

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

Ejemplo en SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2