INSERT IGNORE hará el truco por ti aquí. Solo debe asegurarse de tener un índice ÚNICO definido en la columna que no desea duplicar.
Otra opción es INSERTAR EN... EN LA ACTUALIZACIÓN DE CLAVE DUPLICADA, que no volverá a insertar el valor, pero le permitirá actualizar otras columnas en esa fila. Un contador o marca de tiempo, por ejemplo.