Solo intento aquí (no estoy 100% seguro), pero ¿intentaste agregar las columnas de destino de esta manera:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Tiene tres columnas en su tabla y solo proporciona dos datos.