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LOAD DATA LOCAL INFILE MySQL/PHP problema

Solo intento aquí (no estoy 100% seguro), pero ¿intentaste agregar las columnas de destino de esta manera:

mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."' 
     INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ',' 
     OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"' 
     LINES TERMINATED BY '\n'
     (tracking_number,order_id)");

Tiene tres columnas en su tabla y solo proporciona dos datos.