Creo que el problema es que tu ::has() El método está buscando productos con exactamente 5 tamaños diferentes en cada producto específico, lo que supondría que estaría usando $this->hasMany('Size') en su modelo de Producto. Donde como ::where() método está devolviendo resultados donde el tamaño del producto es 5.
En la documentación utilizan un ejemplo de comentarios. Una publicación tendrá una lista de comentarios. Puede encontrar publicaciones que tengan al menos un comentario (es decir, Post::has('comments')->get() ) o puede buscar publicaciones que tengan más de 3 comentarios (es decir, Post::has('comments', '>=', '3')->get() ).
http://laravel.com/docs/eloquent#querying-relations
