Hice una simulación pero no pude ver tu problema. Creé una tabla para teste y después de insertar datos, esta fue mi selección. ¡Pero la prueba fue normal!
SELECT icDate,
format(ifnull(sum(icCost), 0),2) as icCost,
count(icDate) as entries
FROM incomp
WHERE icDate BETWEEN '2016-01-01' AND '2016-01-05'
AND compID = 'DDY'
group by icDate;
Este es el resultado de mi prueba, exportado en un archivo csv:
icDate | icCost | entries
----------------------------------
2016-01-01 | 8,600.00 | 8
2016-01-02 | 5,600.00 | 4
2016-01-03 | 5,400.00 | 3
2016-01-04 | 0.00 | 1
2016-01-05 | 7,050.00 | 7
¿El campo icCost está configurado con valor nulo o número cero? Recuerde algunos casos en los que los valores nulos establecidos pueden ser diferentes de otros como vacíos.