sql pdo php donde en variable

Primero :
tenga cuidado cuando inyecte directamente una cadena dentro de las consultas, porque puede ser el objetivo de una inyección SQL

Segundo :
cambiar directamente la consulta podría ser la solución más fácil

// $a is either null or something like [1, 2]
$sql = "SELECT id FROM user";
if ($a) {
    $debug = implode(',', $a);
    $sql = "SELECT id FROM user WHERE id IN ($debug)";
}