Si tiene los permisos apropiados, puede hacerlo directamente en MySQL con LOAD DATA INFILE comando, consulte http://dev.mysql.com/ doc/refman/4.1/en/load-data.html
o el mysqlimport utilidad, consulte http://dev.mysql.com/doc/ refman/4.1/en/mysqlimport.html
Ambos métodos le permitirán especificar en qué columnas deben ir los datos, por ejemplo:
LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)
o
mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv
Si tiene la intención de hacerlo desde PHP, debería poder leer cada línea del archivo CSV y ejecutar una consulta SQL INSERT apropiada nombrando las columnas apropiadas (aunque eso no será tan eficiente como hacerlo directamente en MySQL).
EDITAR:Debo agregar que no ha mencionado lo que ha intentado hasta ahora o lo que le resulta difícil; si está atascado en algo en particular, en lugar de simplemente buscar sugerencias sobre cómo hacerlo, actualice la pregunta para decirlo.
