Parece que el problema no está en catalog_product_website mesa. El problema en la tabla de índice de precios, tal vez haya algunos registros antiguos de la versión anterior, que deberían eliminarse. Te recomendaría reindexar todos los índices. El proceso completo de reindexación borra la tabla de índice primero y luego completa la tabla con datos. Debería ayudar.
Si la reindexación completa no ayuda, es posible que su entrega tenga módulos que observen prepare_catalog_product_price_index_table evento, que modifica la selección de reindexación en una forma de unión adicional que multiplica el número de filas con la misma clave principal. También puede causar dicho error.
Saludos, Iván
