He introducido una tabla temporal solo para hacer las cosas un poco más fáciles de leer. Sin duda, podría sustituir esa consulta en línea y eliminar la tabla temporal si lo desea.
La primera selección suma las visitas por usuario y sitio web.
La segunda selección encuentra el máximo de visitas para cada usuario en la subconsulta y luego se une a la tabla temporal para encontrar el sitio web cuyo conteo coincide con ese valor máximo.
create temporary table TempSum
select user-ID, website-ID, count(*) as TotalCount
from YourTable
group by user-ID, website-ID
select ts.user-ID, ts.website-ID, ts.TotalCount
from (select user-ID, max(TotalCount) as MaxCount
from TempSum
group by user-ID) ms
inner join TempSum ts
on ts.user-ID = ms.user-ID
and ts.TotalCount = ms.MaxCount
