Analizaría el archivo XML de su servidor usando algo como simpleXML .
Supongo que los archivos XML tienen elementos que son básicamente iguales a otros valores. En este caso, querrá crear una PreparedStatement y vincular nuevos parámetros para cada entrada. Esta es la forma más eficiente de hacerlo.
Pero si lo que más le importa es el rendimiento, PHP no es el camino a seguir. Podría usar Java (por ejemplo) para analizar el archivo XML y escribir las entradas en su base de datos. Con qué idioma accede a la base de datos completa no importa.