Verificaría si tiene alguna referencia de clave externa a esa columna. Si es así, es posible que deba eliminar las relaciones externas que ha definido para esa columna, luego cambiar el nombre y luego colocar las relaciones de clave externa en su lugar con el nuevo nombre de columna.
Creo que MySQL se obsesiona con el hecho de que cuando cambia el nombre, las relaciones FK ya no son válidas y arroja un error.
EDITAR:Confirmado FK Rename in MySQL
Deberá hacer algo como esto:
alter table yourTable drop foreign key yourID
