Depende del propósito de la "tabla de unión". Si solo desea una combinación de todos los registros entre las otras dos tablas, use una combinación para eso. Si desea una correlación de "muchos a muchos", realmente no hay una forma automatizada de saber cuáles deben asociarse.
Sin embargo, si desea simular una unión y simplemente "precargar" todas las relaciones en una tabla de muchos a muchos (útil si desea relaciones predeterminadas que podrían deshabilitarse o manipularse más adelante), puede usar disparadores para eso.
De todos modos, deberá usar consultas separadas para cada tabla, ya que MySQL no puede insertarse en varias tablas con una sola consulta.
