Error al ejecutar el script SQL; El proceso no puede acceder al archivo porque está siendo utilizado por otro proceso:'C:\\Users\\......\....cnf'

Tengo el mismo error que tú, logré resolverlo siguiendo estos pasos:

1. En lugar de hacer "ejecutar script sql", haga "abrir script sql"
2. Después de abrir el script, Ejecutar todo (el botón de rayo al lado del icono de guardar)

¡Espero que esto funcione para ti también!