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Delphi:TSQLQuery deja un proceso en MySQL incluso después de haber sido liberado

No vuelvas a crear tu conexión una y otra vez, ni tu consulta. Usar parámetros para la consulta; abra la conexión una vez, rellene los parámetros de la consulta, ejecútela, cierre la consulta (pero no la conexión), rellene los parámetros de la consulta de nuevo y ejecútela de nuevo.

Algo como esto (usando Advantage Database Server, pero el concepto es el mismo):

// Both Create() calls should be followed by try..finally to ensure they're 
// cleaned up after. Omitted for brevity.
Conn := TAdsConnection.Create(nil);
// Configure connection parameters here
Conn.Open;

Qry := TAdsQuery.Create(nil);
Qry.AdsConnection := Conn;
Qry.SQL.Add('INSERT INTO SOMETABLE (COL1, COL2, COL3)');
Qry.SQL.Add('VALUES (:COL1, :COL2, :COL3)');
while not OtherTable.Eof do
begin
  Qry.ParamByName('COL1').AsInteger := OtherTable.FieldByName('COL1').AsInteger;
  Qry.ParamByName('COL2').AsString := OtherTable.FieldByName('COL2').AsString;
  Qry.ParamByName('COL3').AsDateTime := OtherTable.FieldByName('COL3').AsDateTime;
  Qry.ExecSQL;
  Qry.Close;
  OtherTable.Next;
end;
// Free query
Conn.Close;
// Free connection.