Un consejo de un amigo salvó el día. Esta parece ser la forma más rápida de realizar la tarea:
- Cree una nueva tabla con una estructura de columnas idéntica a la original con la adición de una columna de incremento automático.
- Agregue los datos de la tabla original a la nueva mediante INSERTAR EN... SELECCIONAR... ORDENAR POR
- Eliminar la tabla original
Hizo 9 millones de filas en 7 segundos.