Primero detenga MySQL (y asegúrese de que no haya procesos de MySQL en ejecución), elimine los archivos ib_logfile* del directorio de datos de mysql y luego vuelva a iniciar MySQL. A continuación, volverá a crear estos archivos. Estos son los comandos:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Lo anterior mueve los archivos de registro a la carpeta de inicio del usuario en caso de que necesitemos restaurarlos.