Lo mejor que puede hacer a corto plazo es agregar un índice que cubra los 4 campos que está calculando. En este momento está haciendo un escaneo completo de la tabla, operación que recorre todas las páginas que contienen su tabla si crea un índice que cubre solo 4 columnas arriba MySQL revisará el índice en su lugar, el índice se almacena por separado y contiene menos datos, por lo que caben más datos en una sola página.
