Apuesto a que su codificación no es compatible con MySQL WorkBench.
Puede cambiar la codificación al guardar un archivo .sql.
- Seleccione Archivo|Guardar.sql como para invocar el cuadro de diálogo Guardar como.
- Observe que el botón Guardar en la parte inferior derecha tiene un ícono desplegable para indicar opciones.
- Seleccione el icono desplegable y elija el elemento de menú contextual "Guardar con codificación".
- Seleccione una codificación que funcione en MySQL Workbench.