Insertar datos codificados json en mysql

Debido a que tiene una matriz de matrices, el foreach correcto se vería así:

$values = array();
foreach ($newelement as $element) {
    $values[] = "('".mysql_real_escape_string($element[0])."','".mysql_real_escape_string($element[1])."')";
}

$db_insert = mysql_query("INSERT INTO fruits (fruit,color) VALUES ".implode(",", $values);