Del manual de referencia de MySQL , en la sección CARGAR DATOS :
Así que creo que si configura el campo donde almacena los nombres como clave principal o índice único, debería poder hacer:
LOAD DATA LOCAL INFILE 'file.csv'
REPLACE INTO TABLE yourtable
FIELDS TERMINATED BY ','
LINES TERMINATED BY '\n'
(id, name, surname, etc);
actualizar:
Acabo de encontrar más recursos sobre el tema:
mysql duplica con LOAD DATA INFILE
http ://support.modwest.com/content/6/253/en/how-do-i-import-delimited-data-into-mysql.html