Su consulta debe ser como:
$query = "
select t1.id, t1.title, t1.description, group_concat(t2.size SEPARATOR ",") as sizes
from products as t1
inner join sizes as t2 on t1.id=t2.id
where t1.id in (select t3.id from sizes as t3 where t3.size in (".$size_list .")
group by t1.id, t1.title, t1.description
"
Un poco de explicación. Cuando une dos tablas, obtiene todas las filas de la tabla sizes
para todos los id
de la tabla products
, entonces id =1 unido con cuatro registros e id =2 unido con dos registros. Por lo tanto, debe agregar estos números en un solo registro.