$username = mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$pass = mysql_real_escape_string($_POST['password']);
$query = "SELECT `pid` FROM `payid` INNER JOIN `user` ON `user`.`uid` = `payid`.`uid` WHERE `user`.`username` = '".$username."' AND `user`.`password` = '".$pass."'";
$result = mysql_query($query);
Es una buena idea envolver los nombres de las columnas con acentos graves. Al colocar variables de PHP en la consulta, abra comillas simples y luego concatene con comillas dobles.