Le propondría que opte por la simplicidad del mantenimiento y la escalabilidad (que RDS aparentemente proporciona mucho mejor que MySQL local) por encima del rendimiento por ahora.
Más adelante, cuando obtenga una producción insuficiente por el dólar pagado por Amazon, podría comenzar a medir cuidadosamente para encontrar cuellos de botella.
No obstante, si está acostumbrado a mantener servidores VPS privados muy compactos, MySQL local podría ser más fácil de mantener, y solo debería optar por servicios externos mucho más tarde :)