La consulta de MySQL obtiene una coma de valor separada de la tabla de detalles maestra

Bueno, puedes hacerlo, pero eso no significa que debas hacerlo. Puede unir las 2 tablas usando find_in_set() en una subconsulta y luego usar group_concat() en la consulta externa para recuperar los resultados:

select t.order_name, group_concat(t.fruit_name) as selected_fruits
from
(select o.order_name, f.fruit_name
from `order` o inner join fruit f on find_in_set(f.fruit_id, o.fruit_id)) t
group by t.order_name