Usando la variable en la configuración del valor de la tabla mysql INNODB AUTO_INCREMENT

Prueba:

CREATE TABLE `test_table` (
  `id` bigint(20) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
  PRIMARY KEY (`id`)) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=1;

SET @`tmpvar` := 12345;

SET @`stmt_alter` := CONCAT('ALTER TABLE `test_table` AUTO_INCREMENT = ', @`tmpvar`);

PREPARE `stmt` FROM @`stmt_alter`;
EXECUTE `stmt`;
DEALLOCATE PREPARE `stmt`;

Demostración de SQL Fiddle

ACTUALIZAR

Puede usar 13.5 Sintaxis SQL para declaraciones preparadas for 13.1.14 Sintaxis CREATE TABLE .

SET @`tmpvar` := 12345;

SET @`stmt_create` := CONCAT('CREATE TABLE `test_table` (
    `id` bigint(20) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    PRIMARY KEY (`id`)) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=', @`tmpvar`);

PREPARE `stmt` FROM @`stmt_create`;
EXECUTE `stmt`;
DEALLOCATE PREPARE `stmt`;

Demostración de SQL Fiddle