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¿Por qué los caracteres Unicode se muestran correctamente en la base de datos, pero como ? cuando se imprime en Java a través de Hibernate?

Es la consola que no está configurada para usar UTF-8 para mostrar a ellos. En el caso de Eclipse, puede configurar su codificación en Ventana> Preferencias> General> Espacio de trabajo> Codificación de archivo de texto . Debe establecerse en UTF-8 .

El new OutputStreamWriter(System.out,"UTF-8"); solo instruye al OutputStreamWriter qué codificación utilizar para convertir los caracteres escritos en bytes. No instruye al System.out consola qué codificación usar para volver a convertirlos de bytes a caracteres para mostrar ellos.