Mi reflejo es una subconsulta:
select count(capture_id) as count_captures,
(select count(id) as count_items
from items i where i.creator_user_id = captures.user_id) as count_items
from captures
where user_id = 9
No estoy muy seguro de lo que puede hacer para evitar esto. Estás viendo el comportamiento esperado (y generalmente deseado).
Por supuesto, si sabe que los ID en ambos no se repetirán, puede usar distintos:
SELECT COUNT( DISTINCT capture_id) as count_captures,
COUNT( DISTINCT items.id) as count_items
FROM captures
LEFT JOIN items ON captures.user_id = items.creator_user_id
WHERE user_id = 9
