¿Intentó #define HAVE_INT8_T (y similar, supongo que sucede lo mismo con otros tipos) antes de incluir el encabezado MySQL?
Es decir. algo como
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
EDITAR:si MySQL.h incluye algo como "config.h", que vuelve a arruinar las cosas, puede intentar incluir directamente ese config.h, luego ajustar las definiciones incorrectas y luego incluir MySQL.h. Probablemente habrá un protector de inclusión alrededor de config.h para evitar que se vuelva a incluir.
