La propiedad que necesita configurar es llamada "adonet.factory_class". Utilice cualquiera de los siguientes:
<property name="adonet.factory_class">assembly-qualified-name</property>
o
configuration.SetProperty(
Environment.BatchStrategy,
typeof(MySqlClientBatchingBatcherFactory).AssemblyQualifiedName);
o como se indica en el archivo Léame del propio dosificador (https://github.com/Andorbal/NHibernate.MySQLBatcher):
config.DataBaseIntegration(db =>
db.Batcher<MySqlClientBatchingBatcherFactory>());