¿Por qué esta simple consulta de MySQL no devuelve la fila?

Su método de verificación de NULL es probablemente el problema. En MySQL, intente lo siguiente:

SELECT `id` FROM `users` WHERE `username` = "test" AND `id` IS NOT NULL;

Para verificar NULL y una cadena vacía, puede usar:

SELECT `id` 
FROM `users` 
WHERE `username` = "test" 
AND (`id` IS NOT NULL OR `id` != "");