Si entiendo lo que necesitas
SELECT t.*, jt.*
FROM thread t
LEFT JOIN joined_threads jt ON jt.thread_id = t.unique_id AND jt.saved_by = '$user_id'
WHERE t.owner <> '$user_id' AND jt.thread_id is NULL
GROUP BY t.unique_id
(no probado). Por cierto, ¿para qué necesitas jt.*? Siempre sería NULL
