Otra forma de hacerlo (no probado, así que avísame si explota):
SELECT emp.id, IF(emp.statue=1, c.sumCome, 0) AS sumCome, l.sumLeave
FROM emp
LEFT JOIN (SELECT uid, SUM(money) AS sumCome
FROM come
GROUP BY uid
) c ON emp.id = c.uid
LEFT JOIN (SELECT uid, SUM(money) AS sumLeave
FROM leave
GROUP BY uid
) l ON emp.id = l.uid
No sé cuál será más rápido en comparación con el de Kevin. Es posible que desee explain
ambos y ver.