Puede usar DB::raw() para hacer esto:
DB::table('table')->insert([
'field' => DB::raw("SPECIAL_FUNC(X)"),
]);
Ejemplos:http://dev.mysql.com /doc/refman/4.1/en/point-property-functions.html http://dev.mysql.com/doc /refman/5.0/es/poblar-columnas-espaciales.html