No estoy seguro de si esto es lo que está preguntando, pero puede usar el through llamar a ManyToManyField para definir una tabla intermedia:
class Organization(models.Model):
name = models.CharField(max_length=32)
projects = models.ManyToManyField(Project, through="ProjectOrganisation")
class Project(models.Model):
#Stuff Here
class ProjectOrganisation(models.Model):
project = models.ForeignKey(Project)
organization = models.ForeignKey(Organization)
#Other Fields Here
Django hace esto automáticamente con muchos campos de todos modos, solo si desea agregar campos adicionales, esta es la forma de hacerlo.
